İşletme maliyeti bakım, yedek parça ve arıza maliyetleri ile elektrik v.s. işletme giderlerinin toplamıdır.
Elektrik motorlu kompresörün işletme maliyetinde en büyük pay elektrik sarfiyatının maliyetidir. O nedenle spesifik (özgül) enerji tüketimi düşük olan bir kompresör seçmek (bakım giderleri durumu değiştirecek kadar yüksek olmamak şartıyla) önemlidir.Kompresörün ve bağlandığı sistemin bakımını enerji tüketimini (basınç kayıplarını , kaçakları v.s.) artırmayacak şekilde düzenli yapmak ayrıca önemlidir. Kompresör için çalıştırma işçilik gideri, sadece o işe ayrılmış eleman(lar) var ise, işletme maliyetine katılabilir. Bir kompresörün toplam maliyeti, satın alma maliyeti yüksek olsa dahi, ekonomik ömrü veya belirlenen bir süre için (Örneğin: 3 yıl için) ucuz kompresörün toplam maliyetinden daha düşük olabilir. İyi/Uygun şartlarda çalıştırılan, bakımı zamanında ve doğru yapılan ve yedek parçası (periyodik değiştirilen parçaları) ucuz olan kompresör ucuza mal olur (toplam maliyeti düşük olur). Arızanın fabrikada/işletmede sebep olduğu imalat süresi kaybının maliyeti, kompresör arızasının kendi maliyetini geçebilir. Bakımı zamanında ve doğru yapmak ve arızalanmayacak şekilde kompresör kalite ve kapasite seçimi yapmak önemlidir. Kaliteli bir kompresörün bakım maliyeti ve yedek parça maliyeti yüksek ise, kalitesi lafta kalabilir. O nedenle kalite ve fiyat dengesinin gözetilmesi gerekir. Servisi yapılamayan, servis kusuru olan kompresör başkaca bir kusuru olmasa dahi müşterinin mağdur olmasına sebep olur. O nedenle 7 gün 24 saat servis (bakım ve onarım hizmeti) almak, imalatçıya ve servise gerektiği anda ulaşabilmek (muhatap bulmak ve telefonla v.s. gecikmeksizin ulaşmak) ve hızlı servis, kısa sürede yedek parça tedariki ve yedek parçanın standart olması ve iç piyasadan parça temin edilebilmesi (tedarik süresinin kısa ve parçayı bulmanın kolay olması) önemlidir.